Nació el 15 de agosto de 1865 en Taniai-Mura, un pueblo de Japón hoy llamado Miyama-cho (prefectura de Gifu cerca de Nagoya). Ese año corresponde a la era japonesa de Edo (1603-1867), época en que se aplicaba una política nacional de aislamiento.

A los cuatro años ingresó en el Monasterio Tendal donde permaneció hasta su adolescencia. Al cumplir 27, dejó la secta Tendai (escuela chino-japonesa de budismo esotérico), y se convirtió al Budismo Shingou.

Siendo Profesor de la universidad cristiana “Doshisha” de Kioto, un estudiante le preguntó si él creía en el poder de sanación de Jesús. Al contestar que sí, el alumno le replicó si sabía cómo hacía los milagros. El Dr. Usui no encontró respuesta alguna. Fue así como dejó su cargo en la Universidad y comenzó una búsqueda espiritual para alcanzar la paz y la iluminación espiritual, que lo llevó a perfeccionar sus estudios.

Se cree que con la apertura e intercambio de la Dinastía Meiji, viajó a Estados Unidos para estudiar en la Universidad de Chicago donde se doctoró en Teología, pero no hay registros de ello en la actualidad. También amplió sus conocimientos en lenguas antiguas, y estudios sobre el judeo-cristianismo y el confusionismo.

En la plenitud de su vida y con mayor caudal de conocimientos en disciplinas espirituales, retornó a Oriente. Allí recorrió parte de China, India y Nepal. Regresó a Japón para continuar investigando, completó su aprendizaje sobre el idioma chino, y aprendió sánscrito para poder leer las escrituras budistas. Consciente de que Buda había tenido el don de curar como Jesús, comenzó un peregrinaje por los 880 Templos Budistas de Kioto, buscando la fórmula para la sanación del cuerpo. Estaba convencido de que se trataba de una técnica que había desaparecido.

En uno de los monasterios Zen, encontró a un monje interesado como él en la curación y allí permaneció al amparo de la guía y experiencia del anciano, estudiando antiguos textos budistas Sutras (recopilaciones de los sermones dados por el Buda). Es en un antiguo texto escrito en sánscrito por un discípulo de Buda, donde el Dr. Usui encuentra los símbolos de la curación.

Sabía que tenía la información pero le faltaba comprenderla. En 1922 se dirigió al Monte Kurama, a doce kilómetros hacia el norte del Palacio Imperial de Kioto, con el propósito de ayunar y meditar por veintiún días. Para contar los días, llevó 21 piedras que arrojaba a medida que pasaban. Al lanzar la última, desde el horizonte se le presentó una bola de luz blanca intensa que lo golpeó en la frente (correspondiente al chakra del tercer ojo). Así fue como se iluminó o logró el Satori. Usui cuenta que a su alrededor vio siete burbujas, cada una con los colores del arco iris, llevando en su interior un símbolo de Reiki de color dorado, los mismos que había encontrado en las escrituras tibetanas. La diferencia fue que, en esta ocasión, comprendió el significado de todos ellos, adquiriendo así la capacidad de transmitir Reiki sin tener que usar su propia energía y de convertir a las personas -u otros seres vivos- en canales. A esta habilidad sanadora la llamó Reiki Ryoho.

Se dice que los cinco primeros milagros del Dr. Usui fueron:

• Después de su descubrimiento, al bajar corriendo la montaña se lastimó el dedo del pie con una piedra, al asirlo comprueba que lo cura.
• Se detiene para comer en una posada, y la hija del dueño sufría un dolor de muelas. Usui le pone la mano en la cara y la cura.
• En su vigésimo primero día de ayuno, estando en la posada, pudo comer abundantemente y sin consecuencias.
• Al llegar al Monasterio, logra recuperar la motricidad del Abad, que estaba imposibilitado.
• Al poco tiempo sanó a su esposa, quien tenía una enfermedad incurable.
• Usui sintió que debía aplicar los dones adquiridos no sólo a su familia, sino a la población pobre. Por tal motivo, durante siete años asistió a todos los menesterosos y enfermos de la zona de los mendigos de Tokio. Su fin era ayudarlos a mejorar y equilibrar su vida a través del Reiki, equilibrando su espíritu para que consigan trabajo. Pero al cabo de los años, confirmó que todos a los que había ayudado regresaban. Esto le permitió llegar a la conclusión que la verdadera ayuda no sólo consistía en dar Reiki, sino también en enseñar a desarrollar amor y agradecimiento.

Sintió que tenía que combinar lo físico y lo espiritual, para lo cual regresó al Monasterio. A través de la meditación llegó a la nueva estrategia a aplicar, que consistía en viajar de pueblo en pueblo y detenerse en el lugar más transitado con una antorcha encendida en lo alto para que cuando la gente preguntara que hacía, su respuesta fuese que estaba a la espera de las personas interesadas en mejorarse a sí mismas. Así fue que recorrió Japón enseñando y curando, física y espiritualmente.

En 1922 fundó el Usui Reiki Ryoho Gakkai (la Sociedad Usui Reiki de Método de Sanación) y abrió su primera clínica en Aoyama, Tokio, donde practicó Reiki y dio talleres sobre esta técnica. Después de más estudios sobre técnicas de Budismo Shinto y Mahayana (Mikko) descubrió el Reiju (Método de Fuerza) y el Hatsurei-ho (Proceso de limpieza para cuerpo, mente y espíritu). El primer registro de Usui dando Reiju fue en Harajuku, Tokio, en 1922.

Después del famoso terremoto de Tokio, en 1923, muchos de los sobrevivientes fueron atendidos por Usui para calmar sus dolencias. El método fue reconocido por toda la población de Japón, motivo por el cual Usui tuvo que mudar su centro a la ciudad de Nakano, de mayor población, en 1925. Debido a su trayectoria de buenas acciones fue condecorado por Emperador Meiji (1868-1912).

Usui continuó con sus viajes. Muchos los realizaba a bases militares, donde conoció al Doctor Chujiro Hayashi, Comandante de la Armada Imperial Japonesa, que provenía de una familia muy pudiente y tradicional. Impresionado por la convicción de Usui, lo acompañó durante sus viajes y se convirtió en 1925 -a la edad de 47 años- en el Segundo Gran Maestro de Reiki, sucesor de Mikao Usui, en la línea de tradición Ryoho. Usui inició durante su vida a 21 Maestros de Reiki.

Mikao Usui falleció de un ataque al corazón el 9 de marzo de 1926, a los sesenta y dos años, en Fukuyama, donde había ido para impartir talleres de Reiki. Está enterrado junto a su esposa e hijo en el cementerio Saihoji, templo que pertenece a la principal corriente Budista.

En su tumba sus alumnos colocaron una placa conmemorativa relatando su vida y se comenta que El Emperador de Japón honró su sepulcro.